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井冈霉素是防治水稻纹枯病的高效适用药种，但持效期只有7天左右，纹枯病发生严重时需要多次用药才能保证防效。选用井冈霉素与枯草芽孢杆菌、蜡质芽孢杆菌、氟环唑、戊唑醇、噻呋酰胺等药的复配剂，能提高对纹枯病的防效和延长持效期。三环唑是噻唑类杀菌剂，是防治稻瘟病的适用药，对纹枯病无效。防治纹枯病的三唑类杀菌剂戊唑醇、己唑醇、烯唑醇、氟环唑、氟硅唑、腈菌唑等，可以因地制宜选用。
防治水稻纹枯病，可以选用井冈霉素、申嗪霉素等生物农药，“爱苗”苯甲·丙环唑、氟环唑、己唑醇、戊唑醇、烯唑醇、丙环唑、苯醚甲环唑、“锐收丰泰”氯氟醚菌唑等三唑类，吡唑醚菌酯、醚菌酯、嘧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯类，以及噻呋酰胺、氟酰胺等药。“尊保”醚菌·氟环唑、“拿敌稳”“稳腾”肟菌·戊唑醇、“禾技”戊唑·嘧菌酯、“阿米妙收”苯甲·嘧菌酯、“扬彩”丙环·嘧菌酯、“法砣”啶氧·丙环唑、噻呋·己唑醇等复配剂对水稻纹枯病也有良好防效，在水稻穗期施用能兼治纹枯病。
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